###################### general
[style]
# グラフのレイアウトファイル
# ~/tmp/paplot/style/rainbow.js
path =

# index.html の備考欄に出力するテキスト(HTMLタブ使用可, 半角英数字のみ)
remarks =

###################### sv
[genome]
# ゲノムサイズのファイル（CSV形式）（デフォルトはhg19, installディレクトリ配下のgenomeディレクトリにあります）
#
# for example.
# (linux)
# path = ~/tmp/genome/hg19.csv
# (windows)
# path = C:\genome\hg19_part.csv
path =

[sv]
# 使用するchromosomes (,で区切る)
use_chrs = 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,X,Y

# 入力フォーマット (自分のデータに合わせて変更する)
[result_format_sv]

# suffix (col_pos_IDが指定されていない場合、ファイル名のsuffixより前をIDとする)
suffix = .result.txt

# データ区切り(タブ区切りの場合)
# sept = \t
# ,区切りの場合
# sept = ,
# スペース区切りの場合
# sept = " "
sept = \t

# 先頭1行がヘッダかどうか (先頭行がヘッダの場合はTrue)
header = False

# 先頭に指定文字がある行は飛ばす
comment = #

##### データ列の位置
# ヘッダ行がある場合、カラム名 (テキスト) を入力する
# ヘッダ行がない場合、カラムインデックス (数値) を入力する

# 必須
col_chr1 = Chr_1
col_break1 = Pos_1
col_chr2 = Chr_2
col_break2 = Pos_2

# 任意
col_opt_dir1 = Dir_1
col_opt_dir2 = Dir_2
col_opt_type = Variant_Type
col_opt_gene_name1 = Gene_1
col_opt_gene_name2 = Gene_2
col_opt_ID =

# 出力フォーマット (data_sv.csv)
[merge_format_sv]

# カラムがない場合、何で埋めるか
lack_column_complement = NA

# データ区切り
sept = ,

###################### qc
[qc]
# qcでどのグラフを表示するか (表示しない場合Falseにする)
chart_coverage=True
chart_average=True
chart_mapped=True
chart_insert=True
chart_duplicate=True
chart_length=True

# 入力フォーマット (自分のデータに合わせて変更する)
# 項目はSVとほぼ同
[result_format_qc]
suffix =

sept = \t
header = True
comment = #

# column index (required)
col_duplicate_reads = #_duplicate_reads
col_mapped_reads = #_mapped_reads
col_total_reads = #_total_reads
col_average_depth = average_depth
col_mean_insert_size = mean_insert_size
col_ratio_2x = 2x_ratio
col_ratio_10x = 10x_ratio
col_ratio_20x = 20x_ratio
col_ratio_30x = 30x_ratio
col_read_length_r1 = read_length_r1
col_read_length_r2 = read_length_r2

# column index (option)
col_opt_ID = id

# 出力フォーマット (data_qc.csv)
# 記載項目はSVとほぼ同
[merge_format_qc]
lack_column_complement = NA
sept = ,

###################### mutation
[mut]
# geneのサンプルに対する検出比(%)
# 値より小さいgeneはplot対象から除外する
# 0の場合はすべて出力する
use_gene_rate = 0

# 入力されていた場合、そのgeneのみ出力する
# 未入力の場合、検出されたgeneすべて出力する
# , 区切りで複数指定可能
#
# limited_genes = TP,TTN,APC,BRAF,CDH1,FLT3
limited_genes =

# 入力されていた場合、そのgeneはplot対象から除外する
# , 区切りで複数指定可能
#
# nouse_genes = NONE,MUC4
nouse_genes =

# 入力されていた場合、その変異タイプ(func)のみ出力する
# 未入力の場合、検出されたfuncすべて出力する
# , 区切りで複数指定可能
#
# limited_funcs = exome,splicing
limited_funcs =

# 入力されていた場合、そのfuncはplot対象から除外する
# , 区切りで複数指定可能
# 空白行を除去する場合、(blank)と記入する
nouse_funcs = (blank),unknown,synonymous_SNV

# funcのplot色を指定する。func名:(RGBもしくはカラー名)
# , 区切りで複数指定可能
# 未入力のfuncはデフォルト色を使用する
func_colors = stopgain:#E85299,frameshift_deletion:#F39600,frameshift_insertion:#E60011,nonframeshift_deletion:#9CAEB7

# ポップアップウィンドウの表示内容
# 詳細は以下
tooltip_format_checker_title1 = ID:{id}, gene:{gene}, {#sum_item_value}
tooltip_format_checker_partial = type[{func}], {chr}:{start}:{end}, [{ref} -----> {alt}]
tooltip_format_gene_title = gene:{gene}, {#sum_item_value}
tooltip_format_gene_partial = func:{func}, {#item_value}
tooltip_format_id_title = ID:{id}, {#sum_item_value}
tooltip_format_id_partial = func:{func}, {#item_value}

# 入力フォーマット (自分のデータに合わせて変更する)
# 項目はSVとほぼ同
[result_format_mutation]
suffix =
sept = \t
header = True
comment = #

# funcが1セルに複数入力されている場合の区切り文字
sept_func = ";"
# geneが1セルに複数入力されている場合の区切り文字
sept_gene = ";"

# column index (required)

# func列
col_func = Merge_Func

# gene列
col_gene = Gene.refGene

# column index (option)
# chromosome
col_opt_chr = Chr
# 開始位置
col_opt_start = Start
# 終了位置
col_opt_end = End
# リファレンスの塩基配列
col_opt_ref = Ref
# 対象の塩基配列
col_opt_alt = Alt
# id (sample) 列
col_opt_ID = id

# 出力フォーマット (data_mut.csv)
# 記載項目はSVとほぼ同
[merge_format_mutation]
lack_column_complement = NA
sept = ,

# mut_subplot_type1_1
[mut_subplot_type1_1]

# ファイルのパス
path = /path/to/file1

###########################
# ファイルフォーマット

# ファイルのデータ区切り
sept = ,

# 先頭1行がヘッダかどうか
header = True

# コメント行
comment = #

# 表示データの列
col_value = average_depth

# id 列（main plotと紐づけられること）
col_ID = id

###########################
# サブプロットのフォーマット

# サブプロットのタイトル
title = bam's average depth

# 表示形式
# fix, range, gradientから選択
mode = gradient

# 凡例のフォーマット
# 値:表示文字列:セルの色を各値ごとに記入する。セルの色は省略可能
#
# mode=fixの場合
# name_set = 0:Male:blue, 1:Female:red, 2:Unknown:gray
#
# mode=fixの場合、値には範囲開始の値を入れる
# name_set = 0:0-19, 20:20-39, 40:40-59, 60:60over
#
# mode = gradientの場合、最初と最後の値を入れる。MIN/MAXを使用すると、データから自動的に設定する
# 自動設定の場合
# name_set = MIN:min, MAX:max
# 手動設定の場合
# name_set = 0:min (0), 40:max (40)
name_set = MIN:min, MAX:max

# mut_subplot_type2_1
[mut_subplot_type2_1]
title = Clinical Gender
path = /path/to/file2
sept = ,
header = True
comment =
col_value = gender
col_ID = barcode
mode = fix
name_set = 0:Male:blue, 1:Female:red, 2:Unknown:gray

#mut_subplot_type2_2
[mut_subplot_type2_2]
title = Clinical Age
path = /path/to/file3
sept = ,
header = True
comment =
col_value = age
col_ID = barcode
mode = range
name_set = 0:0-19, 20:20-39, 40:40-59, 60:60over