はじめに¶
paplot はゲノム解析結果を自動でグラフ化するツールです。
ゲノムを解析して、このようなテキストファイルができたとします。
このあと何をしますか?
グラフを作成しないでしょうか?
毎回手動で作成したり、似たようなスクリプトを書いていませんか?
データの抽出条件、ソート条件を変えて再度グラフを作成していないでしょうか?
paplot はこの作業を自動化して、皆さんのゲノム解析を少しだけ楽にする…かもしれません。
作成できるレポートの種類¶
- Quality Control (QC) レポート
アライメント率やカバレッジ率など、シーケンスデータの品質を表示します。
- Chromosomal Aberration (CA) レポート
構造異常や融合遺伝子など、染色体間の変異を円形のプロットで可視化し、棒グラフでその分布を表示します。
- Mutation Matrix レポート
検出した変異について縦軸を遺伝子 (Gene)、横軸をサンプル (Sample) として、変異タイプ別に表示します。
- Mutational Signature レポート
検出した変異についての特徴的なパターン (変異シグネチャ) を表示します。
pmsignature を使用した表現も可能です。