mutation-matrix グラフ¶
mutation-matrix グラフでは検出したmutation について縦軸を遺伝子(Gene), 横軸をサンプル(Sample) として、変異タイプ別に表示します。
横長の棒グラフ(Sample): | |
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サンプルごとに検出されたmutationの数を表示します。 |
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縦長の棒グラフ(Gene): | 遺伝子ごとのmutation数をサンプル数における割合(%)で表示します。
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functions: | 変異タイプ(func)別に色分けして表示します。表示したくない変異タイプがある場合、functions のチェックボックスからチェックを外すことで除外できます。 |
sub plot: | mutationとは別にサンプルに対するデータがある場合、subplotとして表示することができます。このファイルは |
操作方法
1. axis-X sort¶
横軸の並び順を変更します。
- none ソートしない
- ASC 昇順
- DESC 降順
以下の要素でソートでき、複数ソート可能です。
SampleID: | サンプルの名前順 |
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Mutation num.: | サンプルごとのmutation数 |
Genes: | 遺伝子ごとの変異数。ASC/DESCどちらかを選択したのち、横のリストボックスからGene名を選択し、[add sort key] ボタンをクリックしてください。 |
automatic Gantt-chart: | |
自動的にGantt-chartを作成します。 と、いっても技術者におなじみのガントチャートではありません。次で説明します。 使用する遺伝子の数を横のエディットボックスに入力したのち、[Gantt-chart] ボタンをクリックしてください。 |
Gantt-chart
縦軸を遺伝子(Gene)の変異数の多い順に並べ、横軸をその遺伝子の変異を持っているかどうかで並び替えます。
まず、先頭の遺伝子から並べ、指定された遺伝子の数だけ繰り返します。
検出された遺伝子の数だけ繰り返すのが理想ですが、処理が重くなるため、関心のある遺伝子までに絞ったほうが処理が早くなります。
2. axis-Y sort¶
縦軸の並び順を変更します。
- none ソートしない
- ASC 昇順
- DESC 降順
以下の要素でソートでき、複数ソート可能です。
Mutation num.: | 遺伝子ごとのmutation数 |
---|---|
Gene name: | 遺伝子の名前順 |
3. sample filter¶
横長の棒グラフ(Sample)の縦軸の最大値を設定します。
いくつかのサンプルだけ飛びぬけて変異数が多く、他はそれほど変異がないような場合、この機能を使用することで、グラフが見やすくなることがあります。
表示したい最大値を横のエディットボックスに入力したのち、[update filter] ボタンをクリックしてください。
空白にすると、すべてを表示します。(初期値)
フィルター適用前と適用後
最大値を200に設定した場合の表示例
4. genes filter¶
縦軸に表示する遺伝子に対してフィルタを設定します。
Rate: | 検出された遺伝子のサンプル数における割合(%)。初期値は0%(フィルタリングなし) |
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Display maximum: | |
表示する遺伝子の最大数。 |
いずれも横のエディットボックスに入力したのち、[update filter] ボタンをクリックしてください。