Genomonデータを使用する

Genomonに関しては、各バージョンの設定ファイルを用意しています。

※カスタマイズする場合は 自分のデータを使用する を参照して変更してください。

{paplotをインストールしたディレクトリ}/config_template

Genomonの結果ファイルをもとにしたバージョンの見分け方

version	mutation	sv	qc	post-analysis
Genomon 2.0.0 ～ 2.0.3	ヘッダなし	ヘッダなし	結果なし	結果なし
Genomon 2.0.4 ～ 2.0.5	ヘッダあり	ヘッダなし	結果あり	結果なし
Genomon 2.2.0	ヘッダあり	ヘッダあり	結果あり	結果あり

実行例

genomon_root={Genomonを実行したディレクトリ}
sample={Genomon実行時のサンプルファイル名のディレクトリ}
output_dir={paplotの出力ディレクトリ}
project_name={プロジェクト名}
paplot_install_dir={paplotをインストールしたディレクトリ}

# for Genomon 2.3.0
pa_plot qc ${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_qc.txt ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_3_0_merge.cfg
pa_plot sv ${genomon_root}/post_analysis/ACC_000/merge_sv_filt_pair_controlpanel.txt ./ACC_230_m ACC --config_file ./config_template/genomon_v2_3_0_merge.cfg
pa_plot mutation ${genomon_root}/post_analysis/ACC_000/merge_mutation_filt_pair_controlpanel.txt ./ACC_230_m ACC --config_file ./config_template/genomon_v2_3_0_merge.cfg

# for Genomon 2.2.0
pa_plot qc ${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_qc.txt ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_2_0_merge.cfg
pa_plot sv ${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_sv_filt_pair_controlpanel.txt ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_2_0_merge.cfg
pa_plot mutation ${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_mutation_filt_pair_controlpanel.txt ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_2_0_merge.cfg

# for Genomon 2.0.4 or Genomon 2.0.5
pa_plot qc "${genomon_root}/summary/*/*.tsv" ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_0_5_v2_0_4.cfg
pa_plot sv "${genomon_root}/sv/*/*.genomonSV.result.txt" ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_0_5_v2_0_4.cfg
pa_plot mutation "${genomon_root}/mutation/*/*_genomon_mutations.result.txt" ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_0_5_v2_0_4.cfg

# for Genomon 2.0.0 ～ 2.0.3
pa_plot sv "${genomon_root}/sv/*/*.genomonSV.result.txt" ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_0_0.cfg
pa_plot mutation "${genomon_root}/mutation/*/*_genomon_mutations.result.txt" ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_0_0.cfg