pa_plot コマンド

1. コマンドオプション

pa_plot {qc, sv, mutation} [-h] [--version] [--config_file CONFIG_FILE] [--remarks REMARKS] input output_dir project_name

必須

{qc, sv, mutation}:  paplotのサブコマンドです。いづれかを選択します。(svはCAグラフを出力します) input:入力ファイルです。ワイルドカード (*, ?) を使用して複数指定することができます。その場合、最初と最後に " をつけてください。

# 1ファイルだけ入力する場合
pa_plot qc example/qc/SAMPLE1.qc ./test multi1 --config_file example/example.cfg

# 複数ファイルを入力する場合 (, で区切る)
pa_plot qc "example/qc/SAMPLE1.qc.csv,example/qc/SAMPLE2.qc.csv" ./test multi1 --config_file example/example.cfg

# 複数ファイルを入力する場合 (* 使用)
pa_plot qc "example/qc/*.csv" ./multi multi1 --config_file example/example.cfg

output_dir:出力ディレクトリを指定します。ディレクトリ構成は 2. 出力ディレクトリ を参照してください。 project_name:プロジェクト名です。出力ファイルのタイトルに使用します。

任意

--config_file	設定ファイルです。未指定の場合、デフォルトを使用します。
--remarks	index.htmlの備考欄に出力するテキストです。未指定の場合、設定ファイルの値を使用します。
-h	ヘルプを表示します。
--version	バージョンを表示します。

2. 出力ディレクトリ

output_dir オプションで指定した場所に次の構成でファイルを出力します。

{output_dir}
  ├ {project_name}
  │   ├ graph_mut.html    <--- mutation-matrix グラフ
  │   ├ graph_qc.html     <--- qc グラフ
  │   └ graph_ca.html     <--- ca グラフ
  │
  ├ js          <--- この4つのディレクトリはHTMLファイルを表示するために必要です。消さないでください。
  ├ layout
  ├ lib
  ├ style
  |
  └ index.html             <--- このファイルを web ブラウザで開いてください。

出力ファイルを移動する場合は {output_dir} ごと移動してください。

出力ファイルの操作方法は how to use graphs を参照してください。