QC グラフ¶
QC (Quality Control) グラフではbamファイルの品質をグラフに表示します。
先頭の背の低いグラフはbamファイルごとのdepth 平均値です。
このグラフを範囲選択することで他のグラフの拡大ができます。
それぞれのグラフではマウスを乗せると詳細を表示します。
CA グラフ¶
CA (Chromosomal Aberration) グラフではStructural Variation (SV) 等、Chromosome間の変異を円形のplotで可視化し、棒グラフでその分布を表示します。
- 棒グラフでは全サンプルでbreakpointを集計した数を表示します。
- 円形のplotでは、サンプルごとにbreakpoint1と2を線でつないで表示します。
棒グラフを選択すると選択されたgenome領域にbreakpointを持つサンプルが選択されます。
選択方法は「ハイライト」と「選択したもののみ表示（他を隠す）」の2とおりあり、先頭のオプションボタンで選択できます。
棒グラフのstackは2つあり、2つのbreak pointがchromosome を超えているか、もしくは同一 chromosome 内かで色を分けています。
チェックを外すと、その要素は表示されません。
サンプルごとの円形のグラフをクリックすると拡大表示します。
breakpointをつなぐ線の上にマウスを乗せると詳細を表示します。
mutation-matrix グラフ¶
mutation-matrix グラフでは検出したmutation について縦軸を遺伝子(Gene), 横軸をサンプル(Sample) として、変異タイプ別に表示します。
| 横長の棒グラフ(Sample): | |
|---|---|
サンプルごとに検出されたmutationの数を表示します。 |
|
| 縦長の棒グラフ(Gene): | 遺伝子ごとのmutation数をサンプル数における割合(%)で表示します。
|
| functions: | 変異タイプ(func)別に色分けして表示します。表示したくない変異タイプがある場合、functions のチェックボックスからチェックを外すことで除外できます。 |
| sub plot: | mutationとは別にサンプルに対するデータがある場合、subplotとして表示することができます。このファイルは |
操作方法
1. axis-X sort¶
横軸の並び順を変更します。
- none ソートしない
- ASC 昇順
- DESC 降順
以下の要素でソートでき、複数ソート可能です。
| SampleID: | サンプルの名前順 |
|---|---|
| Mutation num.: | サンプルごとのmutation数 |
| Genes: | 遺伝子ごとの変異数。ASC/DESCどちらかを選択したのち、横のリストボックスからGene名を選択し、[add sort key] ボタンをクリックしてください。 |
| automatic Gantt-chart: | |
| 自動的にGantt-chartを作成します。 と、いっても技術者におなじみのガントチャートではありません。次で説明します。 使用する遺伝子の数を横のエディットボックスに入力したのち、[Gantt-chart] ボタンをクリックしてください。 | |
Gantt-chart
縦軸を遺伝子(Gene)の変異数の多い順に並べ、横軸をその遺伝子の変異を持っているかどうかで並び替えます。
まず、先頭の遺伝子から並べ、指定された遺伝子の数だけ繰り返します。
検出された遺伝子の数だけ繰り返すのが理想ですが、処理が重くなるため、関心のある遺伝子までに絞ったほうが処理が早くなります。
2. axis-Y sort¶
縦軸の並び順を変更します。
- none ソートしない
- ASC 昇順
- DESC 降順
以下の要素でソートでき、複数ソート可能です。
| Mutation num.: | 遺伝子ごとのmutation数 |
|---|---|
| Gene name: | 遺伝子の名前順 |
3. sample filter¶
横長の棒グラフ(Sample)の縦軸の最大値を設定します。
いくつかのサンプルだけ飛びぬけて変異数が多く、他はそれほど変異がないような場合、この機能を使用することで、グラフが見やすくなることがあります。
表示したい最大値を横のエディットボックスに入力したのち、[update filter] ボタンをクリックしてください。
空白にすると、すべてを表示します。（初期値）
フィルター適用前と適用後
最大値を200に設定した場合の表示例
4. genes filter¶
縦軸に表示する遺伝子に対してフィルタを設定します。
| Rate: | 検出された遺伝子のサンプル数における割合(%)。初期値は0%（フィルタリングなし） |
|---|---|
| Display maximum: | |
| 表示する遺伝子の最大数。 | |
いずれも横のエディットボックスに入力したのち、[update filter] ボタンをクリックしてください。