install¶
paplotは次のマシンで動作します。
- Linux系サーバ (HGCスパコン含), Linux ディストリビューション
- MacOS X
- Windows
paplotを実行するにはpython 2.7 もしくはpython 3 が必要です。
(python 2.6 は未検証)
Linux系の場合 (HGCスパコン, cygwin含)¶
1. paplot のインストール¶
cd {install したいディレクトリ}
git clone -b master https://github.com/Genomon-Project/paplot.git
cd paplot
python setup.py build install
# 上のコマンドでエラーが出る場合
export PATH=~/.local/bin/:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=~/.local/lib/:$LD_LIBRARY_PATH
python setup.py build install --user
正しくインストールされたか確認します。
pa_plot conf
**********************
hello paplot !!!
**********************
(デフォルト設定値が表示される)
注釈
PATH設定を忘れないようにする
↑でexport設定したPATHとLD_LIBRARY_PATHはログアウトすると忘れてしまいます。
再ログイン時に再設定されるよう設定ファイルに記入しておくことをお勧めします。
~/.bashrc もしくは ~/.bash_profile ファイルに次の2行を記入してください。export PATH=~/.local/bin/:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=~/.local/lib/:$LD_LIBRARY_PATH
MacOS Xの場合¶
1. ソースファイルのダウンロード¶
paplotのサイトから最新版の
Source code (zip) をダウンロードします。https://github.com/Genomon-Project/paplot/releases/
git コマンドが使える方は git clone -b master https://github.com/Genomon-Project/paplot.git でもよいです。2. paplot のインストール¶
ターミナルを起動してダウンロードしたディレクトリに移動します。
「ターミナル.app」がDockの中にない場合、次からたどることができます。
Finder → 「移動」メニュー → 「アプリケーション」を選択 → 「ユーティリティ」ディレクトリを開く → 「ターミナル」を起動
<user name>は自分のユーザ名です。
whoami コマンドで確認できます。cd {downloadしたディレクトリ}
# 大抵は以下でOKです。
# cd /Users/<user name>/Downloads/paplot-devel
インストールします。
python setup.py build install --user
3. PATHの設定¶
このままではターミナルは
pa_plot がどこにあるかわからないので、インストールされているところにPATHを通します。大抵、ここにあります。
/Users/<user name>/Library/Python/2.7/bin
注釈
ここにない場合は
find / -name pa_plot とコマンドを入力してインストールされているところを探します。4つ見つかるはずです。
このうち、downloadしたディレクトリは使用しません。
{installしたディレクトリ}/bin/pa_plot <--- ココです
{installしたディレクトリ}/lib/python2.7/site-packages/paplot-0.2.6devel-py2.7.egg/EGG-INFO/scripts/pa_plot
{downloadディレクトリ}/paplot-devel/pa_plot
{downloadディレクトリ}/paplot-devel/build/scripts-2.7/pa_plot
export PATH={installしたディレクトリ}/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH={installしたディレクトリ}/lib:$LD_LIBRARY_PATH
# 大抵は以下でOKです。
# <user name>は自分のユーザ名に置き換えてください。
# export PATH=/Users/<user name>/Library/Python/2.7/bin:$PATH
# export LD_LIBRARY_PATH=/Users/<user name>/Library/Python/2.7/lib:$LD_LIBRARY_PATH
正しくインストールされたか確認します。
pa_plot conf
**********************
hello paplot !!!
**********************
(デフォルト設定値が表示される)
注釈
PATH設定を忘れないようにする
↑で設定したPATHは再起動すると忘れてしまうので、
起動するたびに
export PATH=... コマンドを入力する必要があります。ここでは、起動しても自動的に再設定されるようにします。
設定ファイルを作成します。
vi ~/.bash_profile
ファイルが開いたら
i と入力して編集モードにします。ファイルにすでに何か記入されていたら
↓ キーで最後の行に移動します。<user name>は自分のユーザ名です。
export PATH=/Users/<user name>/Library/Python/2.7/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/Users/<user name>/Library/Python/2.7/lib:$LD_LIBRARY_PATH
PATHの設定で入力したものと同じパスを入力してください。
入力したら
ESC キーを押して、編集モードから抜けます。その後、:wq と入力して保存して終了します。Windows系の場合¶
1. Pythonのインストール¶
winPython もしくはPython(x,y)をインストールするのが手軽だと思います。
cygwinでも動きます。
cygwinの場合は Linux系の場合 (HGCスパコン, cygwin含) を参照してください。
- winPython http://winpython.github.io/
- Python(x,y) http://python-xy.github.io/
python 2.7.10 と python 3.5.1 は動作確認済みです。
2. paplot のインストール¶
paplotのサイトから最新版の
Source code (zip) をダウンロードします。ダウンロードしたファイルは適当なフォルダに解凍します。
https://github.com/Genomon-Project/paplot/releases/
インストールしたフォルダにコマンドプロンプトがありますので、起動します。
WinPython-64bit-3.5.1.2 を標準でインストールした場合、ここにあります。
C:\\Program Files\\WinPython-64bit-3.5.1.2\\WinPython Command Prompt.exe
起動した画面に以下を入力します。
cd {zipを解凍したフォルダ}
python setup.py build install
Windowsの場合、
pa_plot コマンドにパスが通っていないのでバッチファイルを使用します。zipを解凍したフォルダに
pa_plot.cmd がありますので、ノートパッド等テキストエディタで開いて編集します。set pa_plot="C:\Program Files\WinPython-64bit-3.5.1.2\python-3.5.1.amd64\Scripts\pa_plot"
pa_plotの実際の場所を記入してください。
数字はインストールしたpythonのバージョンにより変化します。
編集したバッチファイルをpythonコマンドプロンプトと同じフォルダにコピーします。
pythonコマンドプロンプトで、先ほど作成したバッチファイルを実行します。
>pa_plot.cmd conf
**********************
hello paplot !!!
**********************
(デフォルト設定値が表示される)
このような表示が出れば成功です。
注意：Windows標準のコマンドプロンプトでは動作しません。
必ずPythonのコマンドプロンプトを使用してください。
以降、
pa_plot コマンドは pa_plot.cmd と読み替えてください。インストールが終わったら、quick start をお試しください。