about install

pa_plot conf でエラー

PATH もしくは LD_LIBRARY_PATH の設定が不足しているときにおこります。
install を確認してください。

このようなエラーの場合、PATH の設定が正しくありません。

$ pa_plot conf
-bash: /usr/bin/pa_plot: No such file or directory
このようなエラーの場合、LD_LIBRARY_PATH の設定が正しくありません。

$ pa_plot conf
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/bin/pa_plot", line 4, in <module>
    __import__('pkg_resources').run_script('paplot===0.2.7devel', 'pa_plot')
(省略)
pkg_resources.DistributionNotFound: The 'paplot===0.2.7devel' distribution was not found and is required by the application
pa_plot ファイルがない場合はインストールが成功していない可能性があります。
成功した場合は最後の3行がこのように表示されます。
paplot-0.2.7の数字はバージョンによって変化します。

$ python setup.py build install

(最後の3行)
Installed /usr/lib/python2.7/site-packages/paplot-0.2.7devel-py2.7.egg
Processing dependencies for paplot===0.2.7devel
Finished processing dependencies for paplot===0.2.7devel

about graphs

グラフを画像で保存したい

画像で保存する機能はありません。
ブラウザやOSに付属のスクリーンショットで代用ください。

スクリーンショットでを作成するには以下のようなアプリケーションがあります。

    1. ブラウザのアドオンを使用する。

代表的なアドオン

  • firefox ... Screengrab
  • chrome ... Full Page Screen Capture
    1. OS 標準アプリケーション
  • Windows ... Snipping Tool (「スタート」→「すべてのプログラム」→「アクセサリ」→「Snipping Tool」)
  • MacOSX ... グラブ (Finder → 「移動」メニュー → 「アプリケーション」を選択 → 「ユーティリティ」ディレクトリを開く → 「グラブ」)

グラフの色が黒くなる

設定が不足していると黒色で表示されます。
styleファイルで該当する項目を設定してください。


デフォルトのままであれば、styleファイルは {html出力ディレクトリ}/style/default.js にあります。
該当する項目は グラフをカスタマイズする で確認してください。

svでchr10の設定が不足している例。

_images/qa_lack_color.PNG

SVで表示するchromosomeを限定するにはどうしたらよいか

configファイルで次の項目を編集してください。

[sv]
# 使用するchromosomes (,で区切る)
# default
# use_chrs = 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,X,Y

# chromosome 1,5,7を使用する場合
use_chrs = 1,5,7

編集したconfigファイルは次のようにしてコマンドから指定します。

pa_plot {input files} {output directory} {title} --config_file {config file}

SVでヒト以外のゲノムを使用するにはどうしたらよいか

genomeサイズが入力されたファイルが必要です。

先頭列にchromosome名、2列目にサイズをカンマ , 区切りで入力してください。

1,249250621
2,243199373
3,198022430
7,159138663
8,146364022
X,141213431
Y,135534747
9_gl000201_random,36148
11_gl000202_random,40103
17_gl000204_random,81310
17_gl000205_random,174588
Un_gl000214,137718

chromosome名は分析したいファイルのChr1, Chr2で使用されている名称と同じでなければなりません。

_images/qa_genome_size.PNG

configファイルで用意したゲノムサイズのファイルを指定してください。

[genome]
# ゲノムサイズのファイル（CSV形式）（デフォルトはhg19, installディレクトリ配下のgenomeディレクトリにあります）
#
# for example.
# (linux)
# path = ~/tmp/genome/hg19.csv
# (windows)
# path = C:\genome\hg19_part.csv
path = {ここにゲノムサイズのファイルのパスを指定する}

編集したconfigファイルは次のようにしてコマンドから指定します。

pa_plot {input files} {output directory} {title} --config_file {config file}